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A relevância clínica da detecção de anticorpos anti-Endomísio IgM não está definida. A presença de anticorpos IgA e IgG mostram melhor associação clínica no diagnóstico laboratorial da doença celíaca. A Doença celíaca é uma doença autoimune que ocorre em indivíduos pré-dispostos, como a reação de sensibilidade ao glúten. Em indivíduos com pré-disposição genética, uma extensa reação imunológica é acionada, causando mudanças patológicas nos tecidos, particularmente danos ao intestino delgado.