A maioria dos parasitos intestinais são diagnosticados através do exame das fezes. Os estágios usuais de diagnóstico dos protozoários são os trofozoítos, cistos, oocistos e esporos. Os helmintos intestinais são usualmente diagnosticados pela identificação dos ovos e das larvas nas amostras fecais. O método de concentração por sedimentação espontânea - Método de Hoffman - é um procedimento simples, indicado para pesquisa de ovos, larvas e cistos, o qual fundamenta-se na sedimentação espontânea em água. O uso de grande quantidade de material fecal nesse processo, em contraste com pequenas quantidades usadas em outras técnicas, favorece um diagnóstico satisfatório e seguro, mesmo quando o número de organismos presente é pequeno.
A não observação de organismos não significa ausência de parasitismo, mas tão somente que não foram encontrados organismos naquele material. Para aumentar a sensibilidade do exame é recomendável, no mínimo, o exame de três amostras distintas. Também é essencial que se conheça os métodos e colorações disponíveis mais específicos para o organismo que se quer diagnosticar.