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A Apolipoproteína A-I (apo A-I) é o principal componente protéico da partícula HDL. Participa da remoção do excesso de colesterol dos tecidos, sendo responsável pela ativação da colesterol aciltransferase que esterifica o colesterol plasmático. Da mesma forma que o HDL, é um fator de proteção contra doenças coronarianas e acidente vascular cerebral, estando sua concentração baixa em pacientes com doença arterial coronariana. A Apolipoproteína B (apo B-100) é um grande polipeptídeo, sendo o principal constituinte das partículas VLDL, IDL, LDL e da lipoproteína (a). A maioria da apo B-100 circulante encontra-se na partícula LDL sendo um fator de risco para doença coronariana. Fornece medida precisa do risco coronariano a pacientes com triglicérides elevados. Estudos sugerem que as determinações de apo A-I e apo B têm maior poder discriminatório, por apresentarem menores variações analíticas, que HDL e LDL, respectivamente, na definição do risco cardiovascular.